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尽管在无敌舰队一役中，双方几乎使用了欧洲已知的每一种船只，涉及大量令人眼花缭乱的型号，以及更加让人目不暇给的名称，但在做出合理而简明的分类后，对之加以描述仍然是可能的。
盖伦帆船（galleon）是大西洋海域的标准战船。它们多半在船首至船尾之间设有双层甲板，将主战火炮安装在侧舷，并在前后船楼上搭载轻型速射火炮。虽然以日后的标准来看，它还是显得过于短粗、高耸，但比起同时代等量吨位的商船，当时盖伦帆船已然更加狭长、低平。
同样安排在前线的还有武装商船，它们为盖伦帆船提供了支持；那些重达 300 吨（英制）以上的武装商船能够携带长重炮（culverin）和半加农炮（demi-cannon），是一种常见的大型战船。其中，最可怕的英国大型战船要数利凡特公司（Levant Company）的武装商船，它们在建造时便以航行的速度和操作的便宜为鹄的，装配了足以驱散海盗的重型火炮，正因如此，它们有时竟会被来自伊比利亚半岛上的敌人误认为盖伦帆船。形制最大的地中海商船是卡拉克帆船（carrack），拥有巍峨的悬伸艏楼、艉楼和深深的货仓；其中一些设有三层甲板，那些被葡萄牙人用于东印度贸易的卡拉克帆船正是如此。波罗的海的霍尔克船乌尔卡船（urca）通常在大小和高度上赶不上卡拉克帆船。浑如黄油桶一般的外形使这种船只十分适宜航海和载货，但反过来也让它们比卡拉克帆船还要缓慢和笨拙。
小型船只被用于侦察勘测、派遣调度和近岸作业，英国人一般称其为“轻帆船”（pinnace），无论它们装备了怎样的船具。我用这个术语指代双方舰队中的同类船只。西班牙人会按照由大到小的顺序，进一步区分扎布拉船（zabra）、弗拉加塔船（fragata）、帕塔耶船（pataje）和帕塔科船（patach）。所有这些类型的船只都像英国的轻帆船一样，在水中模样低矮，但却比大型船只更加快速和易于操纵，而且需要时可以用桨驱动。除了独立服役的轻帆船，双方舰队还都将他们较大的舰载艇称作轻帆船。这些小艇或拖曳在船尾，或装载于甲板之上，既然它们并没有被单独分派船员，也就并未出现在船只的名册中。
其他种类的小型沿海船只，如霍伊平底船（hoy）和卡拉维尔帆船（caravel）、克鲁斯特帆船（crumster）与加里奥特桨帆船（galiot），有时也用于作战。他们常常采用贯穿首尾的纵帆装置；克鲁斯特帆船与加里奥特桨帆船经常被置于船尾曳行。
加莱桨帆船（galley）和加莱赛战船（galleass）都是纯粹的战舰；它们平时借助风帆巡航，但战时亦使用桨橹。加莱桨帆船身躯狭长，入水后船身颇矮，火力较轻。加莱赛战船之所以会诞生，源于人们想要将加莱桨帆船的航速和盖伦帆船的火力、适航性融为一体的尝试。这种尝试并没有完全成功，但它们确乎称得上是令人畏惧的战舰。与无敌舰队同行的那不勒斯加莱赛战船配备有 50 门火炮，其中一些是大口径长重炮，该船还载有 300 名士兵、水手和 300 名桨手。
16 世纪的火炮甚至比船只还要纷繁复杂。无论是前膛装填、以摧毁船只为目标的重型主战火炮，还是后膛装填、着意于击杀人员的小型火炮，都可以分为三个主要类型：波特炮（pot gun）形状极其粗短，类似毕雷炮（perrier），是迫击炮（mortar）的前身，后者最初只是其中一些炮型的名字；加农炮（cannon）家族都是些厚实的中程火炮，当中的首要类型是半加农炮，它浑如蹲伏着的怪物，有 9 英尺长的炮管和 6 英寸宽的膛孔，可以直射 32 磅重的实心弹（round shot），射程约为 500 码，是 18 世纪臼炮（carronade）的始祖；最后是长重炮家族，它们是 18 世纪长程火炮（long gun）的先辈。
理论家们时常宣称，一门长重炮能够将 18 磅重的炮弹——半长重炮（demi-culverin）的炮弹重量减半——有效平射至 700 码外，随意发射的话（最大射程）则高达 2 英里左右。因此，船舶之间相隔“长重炮的射程”，意味着两船的间距约略小于 2 英里，距离达到“半长重炮的射程”意味着两船相隔大约 350 码。事实上，纵然这些火炮统称为长重炮、半长重炮，但由于每门炮在膛孔、炮口口径、重量和性能上大相径庭，又由于 16 世纪各地区在重量和尺寸上的五花八门达到了不可思议的程度，而多数兴之所至的作者对于精确性却漠不关心，最后的数据也就要一再进行校正。所以，一位弹道学专家也许会提到，某一门如此这般规格的长重炮将一枚 9 磅重的炮弹射至 2500 步外的位置，但何谓 1 步、1 磅，他其实并不具备精确的认识，对于笔下誊抄的外国人的陈述（理论家们全都仰仗相互传抄），他也不了解对方使用的数值是与自己一致抑或迥然不同。迈克尔·刘易斯教授便在做出总结后表示，我们所掌握的有关无敌舰队火炮的信息大体上只具有相对的准确性。
