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在日本历史上，神道的内涵不是一成不变的。在不同时代，神道都依照当时的时代背景被赋予不同的含义，并且和不同的外来宗教混杂在一起。
在最开始，神道的主要内容是精灵崇拜，“精灵”的意思是灵魂、精气。精灵崇拜认为世界上的人、动物、植物，甚至风、雨等自然现象都有平等的灵魂，在这当中最受人尊敬的是地、水、火、风这四大精灵。
随后日本进入农耕时代，神道发生了转变。在以前，火是四大元素里最重要的，但在农耕时代，人们开始重视培育了稻子的太阳和水。同时，对于替自己开辟了耕地的祖先的信仰也开始高涨，于是祖灵信仰诞生了。
前面说到，日本的神大体上可分为天津神和国津神两个体系，而且以天照大神为代表的天津神要比以大国主神为首的国津神尊贵。这个思路和5世纪从朝鲜半岛传来的儒家思想有很大的关联。大和朝廷在建立初期以人人平等为主要观念，地方豪族拥有很大的独立性，皇室和豪族之间并没有很强的阶级差别。但在后来中央集权的过程中，中国的“天神地祇”的说法成为其中一个灵感来源。神道因此融入儒家思想，有了“天神”和“地祇”的差别。
同一时期从儒家思想中吸收的还有“礼”这个概念。中国有《周礼》、《仪礼》、《礼记》“三礼”，大和朝廷从“三礼”的思想中学习了礼仪。7世纪的天武天皇开始在全国范围内设立完整的祭祀制度，原本由各地首长自发举行的祭祀活动开始由朝廷统一管理。祈年祭、新尝祭这些日本皇室每年举办的仪式就是从那时开始创立的。
在儒教和神道积极融合之时，道教也在和神道发生着各种反应。道教是一门以老子和庄子的学问为基础，融合了很多中国民间信仰的宗教，主要是由当时从中国和朝鲜半岛到日本的外国人带去的。但是相比儒教而言，道教和神道的融合潜移默化，比较著名的例子就是把关羽作为生意昌隆之神的关帝庙。
和儒教、道教相比，佛教带给神道的影响要全面而深刻得多。从6世纪中叶佛教从中国经朝鲜传入日本开始，这两门宗教便开始了持续的相互影响、融合的过程。7世纪初，日本各地修建起了法隆寺等大型寺庙，神道受到启发便模仿建立了神社。再到后来，神道又模仿佛教中的佛像、佛画、佛经，发展出了神像、神画、祝词等。让神道和佛教进入更深层次融合的是发生在平安时代的“神佛习合”。
当时，在日本宣扬佛法的一部分高僧提出了这样的观点：佛祖为了拯救众生会重生无数次，日本的神其实就是佛祖转世的其中一个形态。例如，前面提到菅原道真就曾经被一些僧人说成是佛教中十一面观音的转世。这种观念很快在日本民间广泛流传开来。大家开始普遍认为神是另一种形态的佛，很多人开始在神社向神许愿。这种“神佛习合”的现象直到明治时代政府推出“神佛分离”的政策才慢慢消失，但“只要向神许愿，愿望就能够实现”的佛教观念还是保留了下来。
