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慕容宝死后，南燕的长史带头起叛乱，开城投降了北魏，无奈的慕容德只得率军从河南撤离。他听说有个和尚善于卦算，于是找他为自己占卜该去哪里，最终决定向南前往山东。等到慕容德在山东站稳脚跟，重建南燕朝廷后，又有一批乱民占山为王，自称皇帝。慕容德派遣将领前去讨伐，成功将带头的盗匪擒获，当询问那位盗匪其他人逃往何处时，他幽默地说道：“我的太上皇（指父亲）流落在外，征东、征西将军（指兄弟）已被乱兵所害。”他的妻子听不下去说道：“都到了快死的地步还在乱说话，你就是被这张嘴害死的！”
后燕的慕容盛为了吸取父亲慕容宝因懦弱亡国的教训，对群臣严加管教，采用严刑峻法，结果引起了属下的反叛，最终被杀。慕容盛死后，整个慕容家在又经历了一段血雨腥风的储位之争后，由慕容宝的弟弟慕容熙登上王位。
慕容熙上位后就开始大规模地修建宫殿，广征劳役，导致很多士兵、百姓都被活活累死。除此之外，他还十分宠爱自己的苻皇后，常常大张旗鼓地带她四处游玩，曾经一起向北登上辽宁的白鹿山，向东到达吉林的青岭，向南抵达地处河北的沧海才尽兴而归。
后秦的太后去世，主上姚兴哀痛不能自已，悲伤得甚至无法处理政事。姚兴勤于政事，喜欢听取谏言又知人善任，同时还骁勇善战，多次亲征吞并周边势力，后秦在他的英明治理下蒸蒸日上。
很快，姚兴成功大败乞伏乾归，乞伏乾归不得已投降了南凉——西秦暂时灭亡。此时的南凉君主是秃利鹿孤，手下劝谏他说：“乞伏乾归本是我们的臣属，后来犯上作乱自己称帝，现在因形势所迫前来归附，并非出于真心，早晚会成为祸患。不如将他囚禁于腹地，这样即使将来他想要反叛也无法成功逃出控制。”秃利鹿孤反对道：“他因穷途末路前来投奔，如果我们不以诚心相待，将来如何吸引更多人前来归附。”之后乞伏乾归果然又叛变投降了后秦，南凉的臣子都劝秃利鹿孤杀掉乞伏乾归的儿子乞伏炽盘，但秃利鹿孤为了显示自己的宽仁大度还是选择放过了他。
然而秃利鹿孤怎么也想象不到，自己的一念之仁会导致国家的悲剧。因为在不远的将来，正是乞伏炽盘重振了西秦，灭掉了南凉。
西秦灭亡后，秦军又快马加鞭地进攻后凉。而后凉则刚刚经历内乱，国君吕篡被杀，整个国内已是一盘散沙，自然不是秦军对手。最终吕氏宗族不得已投降了后秦，后凉宣告灭亡。
北魏屡次出现天象异变，大臣们多方查阅古籍，显示王位将会生变动。拓跋珪十分担心，于是下诏对众人洗脑，向他们灌输拓跋氏承继大统是天意，不可更改的理念。拓跋珪还派人邀请仙士炼制长生药，再让有罪之人替自己试药，很多人因此丢掉了性命。
之后拓跋珪为了与后秦交好，十分有诚意地派遣使者前去联姻，结果姚兴因为拓跋珪已经册立过皇后断然拒绝了此事，与北魏结下梁子。恼怒的拓跋珪不断扩充军队，积聚粮谷，准备与后秦对阵。
而正在这个时候，一个新的少数民族登上历史舞台——柔然，成为继匈奴和鲜卑之后，在蒙古草原上崛起的另一部族。柔然想要讨好后秦，于是派兵进攻北魏，结果被打得大败，不得不逃往漠北。之后柔然成功抢夺了高车族的领地，又接连打败了附近的斛律部与匈奴遗种，疆域西临新疆，东抵朝鲜，南达大漠，占据了相当于今天整个外蒙古的地方。
战胜柔然后，拓跋珪亲自率军进攻后秦，他趁姚兴还未到来的时机，出奇兵先行占据了重要隘口，然后渡河成功建立包围圈，将后秦的军队切割成两段后各个击破，最终大败姚兴，擒获两万多人。姚兴眼见兵败却无能为力，只剩放声痛哭，响彻山谷，最终不情不愿地派人求和，然而拓跋珪却不肯答应，多亏后方柔然再度进攻，才使迫使他率军回防。
蛰伏了一段时间的孙恩再度卷土重来，率兵进攻东晋的沿海城市，刘牢之得到消息后马上带军还击，刘裕更是接连打败叛军，孙恩无奈之下只好再次带领军队逃往海上。但是由于百姓支持孙恩，不断投靠到他的麾下，致使官军越来越少，叛军越来越多，此消彼长之下，双方兵力越来越悬殊。于是刘裕只好另想对策，他命令士兵将旗帜全部收起，精锐尽数掩藏，只派遣老弱残兵出城作战。叛军以为刘裕手中已没有兵马，争相入城进攻，正好碰上刘裕埋伏好的精锐，被打得大败。然而晋军兵力有限，很快就遭到了叛军反击，刘裕身边的将领再次全部死光，只剩下他一人。而他也再次展现出了“以一敌千”的本领，特意命令身边之人全都脱掉战甲以示从容，然后自己大声呼喊着杀向叛军，凭借不怕死的气势吓退了他们。不久双方再次对阵，刘裕只用了不到一千兵马就大败孙恩，致使叛军有的掉下悬崖，有的跌入水中，孙恩自己也被弄得十分狼狈，不得已再次撤退。
几次败给刘裕之后，孙恩的兵力严重不足，他不想落到被官军活捉的下场，于是选择了跳海自尽，追随他一起死的信徒过百人，被其他党羽尊称为“水仙”。孙恩死后，剩余的几千部众又推举了他的妹夫卢循担任新任领。卢循为了给孙恩报仇，数次出兵进攻，但都被刘裕打败，不得不渡海向南逃走。之后他趁夜攻陷了广州城，以那里作为新的根据地。
孙恩虽被平定，但朝廷的另一大隐患——桓玄却仍旧无法无天。于是司马元显暗中派人联合刘牢之商议，想要与他共同袭击桓玄。刘牢之听完司马元显的计划后，认为很难成功，不禁面露难色。使者返回后对司马元显说：“我看刘牢之的神色并不坚定，恐怕会背叛您，不如将他召入朝中杀掉，免得将来破坏您的大事。”司马元显因为还需仰仗刘牢之的兵力来对抗桓玄，所以没有听从，而将精力用于训练水军，修筑战舰，为讨伐桓玄做准备。
刘牢之本来就不与司马元显亲近，再加上自己功名日盛，担心桓玄被消灭后下一个就是自己，于是始终不肯出兵帮助朝廷，即使刘裕多次请求他也不愿答应。
不久后，桓玄也派人前去游说刘牢之：“自古以来，功高盖主之重臣很少能够善终，越国的文种，秦国的白起，汉朝的韩信，都曾为君王打下江山基业，然而功成之后也全都身异处。如果你为朝廷消灭了我，就会成为下一个眼中钉，如果战败了也会遭到严惩。”
刘牢之深知他、桓玄与司马元显已呈“三足鼎立”之趋势，两方联手就能顺利平定第三方，然而一旦他消灭了桓玄，就无力再对付司马元显，于是主动向桓玄请降，即使刘裕极力阻止他也不肯听从。之后，再无后顾之忧的桓玄势如破竹地攻入京城，守军看到后全部四散逃亡。在桓玄的逼迫下，晋安帝不得不下诏将司马道子和司马元显全部斩杀，尸体悬挂于街市中。
司马元显死后，桓玄得以总览大权，特意将刘牢之封为文官，实则剥夺了他的兵权。有人劝刘牢之进攻桓玄，刘牢之也在私下询问刘裕的意见：“我想带领部队返回北方，等待时机匡扶社稷，你愿意同去吗？”刘裕无奈说道：“将军您之前本来拥有数万强劲的士卒却望风而降，如今桓玄已然得志，威名震动天下，哪里会给您机会前往北方？我刘裕如今只想脱下战甲，返回京口（江苏镇江）。”另一位手下也说：“世上最无法原谅的行为就是背叛，您先背叛了王恭，又背叛了司马元显，现在如果再背叛桓玄，就达到三次了。如此行为，天下人会作何感想？”
于是刘牢之的部署纷纷离散，没有人再愿意支持他。最终，刘牢之在绝望无奈又不断担心被桓玄所害的恐惧之下，选择了自杀。他死后，桓玄命人撬开了棺木，将他的尸体暴露于外。
此后，桓玄接连杀害众多隶属于刘牢之的北府旧将，刘裕眼见形势危急，赶忙前去向他投诚。桓玄素闻刘裕大名，喜爱他的骁勇同时又忌惮他的战力，常对身边人说：“刘裕的风骨与常人不一，将来定是人杰。”于是不敢对他下杀手，每次宴会都要殷勤招待他，赠予丰厚的赏赐，还在职务上对他委以重任，而这也将成为他最后悔的选择。
东晋在遭遇孙恩和桓玄的接连叛乱后生饥荒，人口折损了一半，有些城镇的百姓甚至全部死光。富贵人家虽然仍能穿金戴银，但钱财却早已换不来粮食，只能关门闭户，全家人穿戴精致然后一齐饿死。
桓玄的心腹私下问刘裕说：“桓王功德隆重，朝廷如今孱弱，所有人都说皇上应该禅让给他，您认为如何？”刘裕坚定地说道：“桓王的父亲桓温本就是拯救国家的英杰，再加上桓王自己的功业，早就应该行禅让之事。”桓玄得知后十分开心。然而其实刘裕已经有了除掉他的念头，只是没有一个合适的理由。
南燕有位见识卓越的谋臣向慕容德献策道：“现在晋国朝廷衰弱，将领桓玄作乱，上下离心离德，如果我们派遣大军前去讨伐，他们必然瓦解。如果我们能趁机取得江东，就不用再担心北边的魏国与西边的秦国了。如果失去了这次机会，等到晋国的其他豪杰消灭桓玄统一内部，我们不只得不到建康，反而可能被他们所灭。”当时南燕拥有步兵三十七万，骑兵五万，完全有能力向南进攻，然而公卿大臣们却认为桓玄势头正盛，极力阻止，最终搁浅了这个计划。
4o3年11月庚辰日（21日），晋安帝司马德宗正式禅位于桓玄。12月壬辰日（3日），桓玄正式登上帝位，由于桓氏的领地在荆州之楚地，所以建国名为“楚国”。
桓玄自从登上皇位后，心里常常感到不安。他进入皇宫那天，刚坐上皇帝的宝座就塌陷了，弄得群臣脸色都变了。不久之后的一个夜晚又出现了洪水，波涛卷入石头城，冲走了很多百姓，弄得人心惶惶。桓玄得知后，害怕地说：“这是有人想要作乱的征兆！”桓玄本性严苛，喜欢卖弄聪明，当政之后更是昏庸荒淫，喜欢大兴土木，四处游猎，使得朝纲变得十分混乱，想要叛乱的人越来越多。
桓玄的皇后很有智慧，又懂得看人，她对桓玄说：“刘裕走路的时候如龙行虎步，眼光傲视一切，这样的人终究不会屈居人下，你应早日铲除。”桓玄不同意道：“我现在正想仰仗他的力量平定中原，杀了他就没有可用的将领了。”
刘牢之的外甥何无忌找到刘裕，劝他共同起兵讨伐桓玄，于是二人暗中乘船返回京口开始谋划。之后何无忌又前去劝说另个一北府军的将领刘毅，对方满口答应：“刘裕是我见过的非贵族门阀出身中最为英雄的人，定能办成大事！”
当初，有人向桓玄推荐了文臣孟昶（g），结果因为有个和他关系不好之人屡次进献谗言，导致他最终未被重用。心灰意冷的孟昶返回京口后，刘裕特意上门拜访，对他说：“之前的天下是高门大户的天下，只有贵族门阀出来的子弟才能被重用，但如今我们可以一同创造一个新的、属于草莽的天下，谁说平民百姓中就出不了英雄？”
于是刘裕、何无忌、刘毅、孟昶等人暗中谋划准备起兵，就连桓玄的僚属——诸葛长民也背叛他加入了进来。诸葛长民有文武才干，但品行不端，由于贪污被罢免官职后怀恨在心，就投靠了刘裕。
之后诸葛长民作为内应杀死了长官，夺取历阳（安徽）接应刘裕，刘毅和孟昶也动政变杀死了桓玄的亲信，占据广陵（江苏）牵制防守。
4o4年2月乙卯日（27日），时年41岁的刘裕借口外出打猎，与何无忌集结了一百多个手下，突然斩杀了桓玄在京口的亲信，然后召集文武僚佐对他们说道：“我等奉密诏诛灭桓氏叛党，各位都是晋国臣子，应该知道自己接下来应该怎么做！”于是众人全部散去，没有加以反抗，刘裕成功夺取了京口的兵权。
刘裕问何无忌说：“我现在急需一个懂得处理政务的文官辅佐，去哪里寻找？”何无忌说：“没有人比刘穆之更合适。”刘裕大喜，立刻派人前去传召。刘穆之正在家中酣睡，听到喧闹声就走上了街，正巧碰上使者。结果对方还没开口，刘穆之就将自己的布衣撕碎改换为作战用的戎服，展现出了料事如神的实力。于是刘裕终于找到了自己的“张宾”和“王猛”，虽然才华比起他们还是差些。
桓玄听说刘裕起兵后忧心如焚，经常对左右说：“刘裕一代雄才，加上刘牢之的外甥何无忌与豪爽的刘毅，这几人凑到一起实在让人无法轻视。”有人劝他迅带兵前去平叛，桓玄却认为刘裕的兵马一向骁勇，自己万一战败对方就会士气大振，到那时更难对付，不如按兵不动等对方来攻，待他们疲敝了再出击。
不久后，刘裕的军队从京口出，与桓玄的精锐在江上相遇。敌军领兵的是桓玄最骁勇的干将，然而刘裕当其中，手握大刀大喊着第一个冲杀上去，对方被他的气势所慑，很快就被斩。其余将领继续死战，将刘裕团团包围了好几重。刘裕只得背靠大树独自作战，再次以少敌多，桓玄的部将见他陷入危机，不禁挑衅道：“你想要什么样的死法？”结果刘裕怒目圆睁，挥刀不停砍杀，敌军见怎么打也打不败他，都开始恐惧起来，人人畏缩不前，竟让刘裕一直支撑到了援军到来。刘裕趁势率军反击，大获全胜——刘裕作战以“刚猛”著称，无论是最早侦查时一人大战敌军主力，还是讨伐孙恩，再到这次出征桓玄，敌人基本都是被他不怕死的样子吓跑的。
获胜的刘裕继续进军，他知道自己兵力不多，便派遣一些老弱登上附近的高山，在上面广布旗帜作为疑兵。而敌方守军本就是北府兵出身，知道刘裕的可怕，看到漫山遍野都是他的旗帜后，以为有千军万马，所以根本没有斗志。之后刘裕和刘毅兵分两路，各自率军突袭，刘裕更是身先士卒，在他的感染下，手下将士也都拼死作战，无不以一当百，很快就突破了包围圈，直奔都城建康，呼喊之声震动天地，就连城内都能听得到。
桓玄因刘裕百战百胜而惶恐不安，召集了一众方士为自己卜算吉凶——当一个人对理性和现实都没有办法时，往往只能将希望寄托于玄学。经过一番思想斗争后，桓玄终于得出了一个结论——好死不如赖活着！于是他暗中命令亲信备好船只，带上一众家小悄悄逃离，途中遇到了自己的部下，对方拽着桓玄不让他走：“咱们现在还有八百名弓弩手，都是曾受桓氏旧恩的人，尚可做最后一搏，不战而逃只会让您死无葬身之地。”桓玄没有说话，只是用手指向天空，示意天要亡他，然后还是逃了。
刘裕成功进入建康，将桓温的神像灵位尽数焚毁，并屠灭了还在城中的桓氏宗族，然后派兵前去追杀桓玄。由于不擅长处理政事，刘裕便将各种事务全都交给了刘穆之，刘穆之也尽心尽力，将一切治理得井井有条。东晋的政治一向松散，朝廷毫无纲纪可言，世家权贵更是常常欺凌百姓，刘穆之针对此情况一一加以修整。刘裕十分欣赏他的才干，逐渐把他当作最为亲近的心腹，事事都要向他请教，然后以身作则，带头遵从法令。百官看到二人的面貌，也都不敢托大，开始努力地各司其职。于是刘裕和刘穆之这对组合上任不到十天，就改变了整个国家的风俗面貌。
而桓玄反倒在逃亡的路上开始了文学生涯，撰写了《起居注》，在里面详细描述了讨伐刘裕的事情，认为自己的分析判断和谋略施行都没有问题，失败的原因在于各方军队违背了他的指挥调度。他一直沉浸于自己的创作，根本没空与下属商量军务，就这样一路逃回了桓氏的老巢江陵（湖北）。之后桓玄在自己的腹地荆州大肆征兵，不到一个月就拥有了两万新兵，然而手下那些将领因为他不战而逃，更加不服从号令。
刘裕自然不会给桓玄东山再起的机会，立刻派遣刘毅和何无忌带兵前去讨伐。刘毅的军队还不到一万人，连桓玄的一半都赶不上，兵力悬殊之下将士们都十分害怕。然而桓玄的内心却更为胆怯，作战时常偷偷将小船停在旁边，以做好随时逃亡的准备，所以他的军队也都没有什么斗志。刘毅趁机放火烧毁了桓玄的粮草和军械，然后全军出击大败了他。
桓玄部众尽皆溃散，只得自己驾着小船逃走，结果在途中又碰上了前晋朝的臣子。交战之下，对方乱箭齐，桓玄宠幸的两个妃子冒死用身体为他抵挡，双双殒命。而逃过一劫的桓玄最终也逃难被擒获的命运，然后送往建康斩，建国不到半年的“桓楚”宣告灭亡。
临死前，桓玄对着行刑之人怒吼道：“凭你也敢谋害天子！”——算是为桓氏一族始终求而不得的帝王梦画上了句号。
