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刘毅等人既已战胜桓玄，就放松了警惕，没有加紧追击忠于桓氏的残兵，使得桓玄的侄子桓振得已再度募集两百死士攻陷江陵。后知后觉的刘毅和何无忌这才出兵进攻，结果都被桓振打败。之后桓振更是屡战屡胜，只用了几百士卒就将刘裕手下有名的将领几乎赢了一个遍，但由于兵力实在太少，最终还是战败而亡。
桓振年少品行不端，因而一直未得桓玄重用。桓玄死后，桓振经常叹息：“假如他能早一点让我担任先锋，平定天下都不是问题。”
所谓只能共患难，不能共享福。桓玄平定后，与刘裕一起建功的刘毅忌惮他的实力，不希望他入朝辅政，于是建议皇帝将政务都交予孟昶，将刘裕外派到扬州。刘穆之私下找到刘裕说：“明公拨乱反正，功盖天下，怎么可以总是谦卑地做个守将？权力是不能外放的，一旦失去就会死无葬身之地。刘毅和孟昶虽然和您共同起事，但并非完全出于真心，理应让他们明白上下之分。我们可以如此答复：‘此事关乎重大，需要入朝讨论。’等到您前往朝廷，刘毅那些人便不敢再放肆越权了。”刘裕听从了他的意见，开始掌握大权。
之后刘裕派遣使者向秦王的姚兴求和，希望他能返还之前抢夺晋国的几个郡县，姚兴同意了。后秦的臣子都认为不可，但姚兴对他们说：“刘裕凭借卑微的出身，居然能一路攀升直到诛灭桓玄，复兴社稷。君子有成人之美，我又何必吝惜那几个小城而不去成全他的理想呢？”
料理好一切事务的刘裕，便开启了他的北伐之旅，将地处山东的“南燕”定为个目标——此时的南燕，在深谋远略的慕容德去世后已生过数次内乱，新上任的君主慕容又从不关心政事，致使朝政混乱，国力走向衰弱。
然而群臣都对刘裕的提议持反对意见，只有孟昶相信他定能成功。
当年，前秦的苻坚败亡后，王猛的孙子王镇恶逃往东晋，后担任县令。王镇恶这个人不擅长骑射作战，但是遗传了祖父王猛足智多谋，英明善断的特点，擅长军国大事。于是就有人向刘裕推荐了王镇恶来相助北伐，刘裕与他谈话过后十分欣喜，激动地对左右说道：“难怪都说将门无犬子，看看王镇恶就知道了！”
4o9年5月，已经46岁的刘裕率领水军从建康出，开启了向南燕的征程。身边仍然有不少声音在劝阻：“如果燕国驻守险要，坚壁清野，摧毁城外所有可收割的禾苗，到那时我们孤军深入又没有补给，定会陷入险境。”刘裕笑道：“你说的这些我早已深思熟虑过了，鲜卑人一向贪心，又不懂长远计划，必然舍不得野外那些粮草而无法固守不出。”
慕容果如刘裕所料，一路放任他的军队进入腹地。慕容本意是想将刘裕主力引诱至城下，再集中兵力歼灭，结果刘裕使用了当年韩信灭亡赵国的计策，趁着燕军主力倾巢而出之际，派遣轻兵走小路偷袭了他们的后方，成功大败了他们，进而包围了南燕的都城。之后刘裕再次展现虚张声势的本领，命令手下在白天的时候大张旗鼓，装作后方援军源源不断地前来。慕容毫无办法，
只好向后秦求救。于是姚兴派遣使者找到刘裕，扬言要出兵十万前来援救燕国，希望双方尽早讲和，结果刘裕霸气地对使者说道：“回去告诉你的主上，我灭掉燕国下一个就是秦国。”刘穆之知道后责备刘裕道：“之前将军无论大事小情都会先与我商量，为何这次这么鲁莽？你的这番回答不但不能威慑后秦，反而会激怒他们。到时我们还没来得及攻灭鲜卑，羌人就来了。”刘裕笑道：“这关于用兵之道，不是你们这些文官所能理解。所谓兵贵神，秦国如果真想攻打我们，必会日夜兼程地行军，唯恐外人知道他们的行踪，又怎会预先派遣使者前来告知？而且他看到燕国陷入危机，自保都来不及，哪还敢劳军远征呢？”
南燕被晋军围困了很长时间，又迟迟没有后燕出兵的消息，城中的男女老幼不堪困苦，纷纷出城投降。慕容对左右说道：“兴衰荣辱皆是命，然而我就算拔剑自刎也不会出降苟活！”于是带领数十人冒险突围，不幸被俘。刘裕指责慕容一直负隅顽抗，不肯开城投降，慕容神态自若，始终不一言，最终被送往建康斩。刘裕恼怒于花费了很长时间才攻克燕国，想将敌方士兵尽数坑杀——残暴尽显无疑。多亏手下拦阻才放弃了此想法，然而还是诛杀了三千多名燕国的皇室宗亲才肯离去，南燕自此灭亡。
正当刘裕北伐顺风顺水之际，后方却出现了麻烦——卢循竟趁他不在偷袭了都城建康！
卢循本没有这个见识与胆量，都是姐夫徐道覆在背后出谋划策，他知道驻扎广州并非长久之计，同时也预见到刘裕北伐成功后就会南下进攻他们，到那时将更加难以抵挡，于是便向卢循献上了这个妙计。之后卢循建造了许多船只，誓要一战而定，而代替刘裕留守的何无忌又轻敌冒进，结果被敌军诛杀。何无忌素有威名，他的死使整个朝廷都惊慌不安。
无奈的刘裕来不及修整，便率领已十分疲惫的军队返程。由于担心建康很快就会沦陷，他再次选择兵行险招，让大部队护送着军械粮草在后方慢行，自己则与几十个将士连夜以最快的度向回赶。当时风刮得很急，导致船只无法航行，刘裕就强逼众人冒死与自己渡江：“假如天意相助，风浪自然会停，如果天要亡我，那么就算中途翻船淹死也没什么好遗恨的。”之后渡江时狂风果然停止，众人得以顺利抵达京口，距离建康仅一步之遥。
刘裕写信给刘毅，告诉他进军的计划，刘毅对信中命令的口吻十分不满，愤怒地对左右说：“众人仅仅因为过去的战功就推举刘裕来当领，难道你们就真的认为我比他差吗？”说罢将信扔到地上，私自前去进攻卢循，结果被打得大败，伤亡十分之七，导致数百艘舟舰与众多士兵都被敌军俘获，然而刘裕对他仍旧好言安抚。
刘毅战败，返回的北伐大部队又伤亡过半，整个建康能作战的士兵还不满一千人，导致人心惶惶，而连战连捷的卢循已经坐拥十万大军，车马船只连绵不断。缺兵少将的刘裕没有放弃，开始从百姓中募兵，动他们修筑石头城。一众谋臣与将领都建议他应该分兵驻守各个渡口险要，然而刘裕却有着自己的见解：“现在叛军众多，我们的兵力却太少，如果再分兵肯定会让敌军看破虚实而士气大振。到那时，只要我们有一处失利，其余各处就会接连崩溃。所以只能集中兵力先防守重地石头城，同时还要想尽办法不让敌军探知我们的虚实。”
孟昶和诸葛长民都认为此战必败，建议刘裕尽快将朝廷与家小迁移过江，但刘裕就是不听：“现在每个人都很恐惧，一旦作为主帅的我也离开了，士众就会立刻崩溃，到那时我们就算逃到对岸又有什么意义？如今兵马虽少，起码还能殊死一搏，如果放弃，殊死一搏的机会都没有。我宁可死在国家的宗庙之前，也不想躲藏在草堆里苟活！”然而孟昶始终坚信打不赢，甚至以赐死自己逼刘裕离开，刘裕被他弄得没有办法，只得说道：“你就暂且先看我打一仗，之后再死不迟！”
最终，孟昶在对前途的极度绝望中服药自尽。他的预测一向很准，无论当年诛灭桓玄还是后来北伐成功，甚至之前刘毅出征，他都猜对了结果。而且这次所面临的情况确实比以往凶险，不止孟昶，没有人相信能赢，毕竟几百人打十几万人简直是天方夜谭，只可惜他们都漏算了一处：这支军队的统帅是刘裕，那个南北朝最能打的人，而如果孟昶能听从刘裕的建议，其实也就不必死了。
刘裕得知孟昶自杀后非常悲痛，对左右说道：“现在的形势，叛军如果直接进攻，我们恐怕难以抵挡，但如果他们迂回水路，那么就必然被我们打败。”之后他登上城楼观察敌军时，看到他们突然朝向新亭行进，顿时脸色都变了，好在对方很快又改道水路，刘裕这才变得高兴。
原来，徐道覆屡次请求卢循赶紧进军，分兵多路进攻刘裕，但是卢循过于保守，总想使用万全之策，非要等到各路大军齐聚才肯兵。徐道覆不禁感叹：“看来我终会被这个庸才所误，如果让我得以侍奉明主，天下都不够平定的。”
刘裕命人大肆砍伐木材制作栅栏，利用石头城的险要构筑了三处堡垒全力防守，并下令全军不可轻易出战。之后卢循数次强攻都无法突破这三道防御，整个军队都十分疲惫，无奈之下只得撤军。
刘毅和诸葛长民等人听说后欢呼雀跃，感叹捡回一条命，谁知刘裕却在此时下了一道让所有人更为震惊的命令——反攻卢循！要知道，他们早已没有兵马，能够击退叛军都是重大奇迹，理应休兵养民，以防敌人下一次进攻，结果刘裕反而选择主动出击。
然而刘裕毕竟是刘裕，他很快就募集了三千新兵，派遣他们走水路偷袭卢循的老巢广州，即使众人一再劝说他也固执己见。果然，守在广州的叛军根本没有料想到刘裕还敢派兵前来，完全没有设防，很快就被顺利攻克。
没了退路的卢循和徐道覆只得再次与刘裕正面交战，他们忌惮刘裕的战力，特意将战场选在了水路，水军的阵势也非常壮观，向前看不见头，向后看不到尾。刘裕派出了所有船舰，分别派遣骑兵和步兵埋伏于两岸，预先准备好点火的工具来烧毁敌军的船只。等到卢循的舰队停泊休息时，岸上的伏兵突然冲出，奋力将火把丢向他们，江面顿时火光冲天，烟雾弥漫天空。卢循大败，只得一个人乘船逃往广州，剩余的一万多士兵不是被杀就是跳到水里淹死，徐道覆也被追兵所杀。
卢循自知死期将至，拿处毒药对一众妻妾说道：“谁愿和我共死！”结果她们大多面露难色，只有个别人愿意，于是卢循把那些不愿和自己同生共死的妻妾全部杀害，然后选择了和当年孙恩一样的死法——投水自尽。
卢循之乱正式平定。
后燕之主慕容熙带兵讨伐高句丽，他特意下令将士：“等你们攻陷城池后切不可先行进入，要将城墙全部推到，好让我和苻皇后能够乘车进入。”结果高句丽的防御过于严密，使得燕军始终没有建树，慕容熙也只得灰溜溜地返回。
苻皇后喜欢在夏天享用冻鱼，在冬天吃一些不合时令的食物，慕容熙每次都想方设法地满足她。之后苻皇后去世，慕容熙更是哭得昏了过去，很久才苏醒过来。他披上父母去世时才能穿上的丧服，每天只吃稀饭，命令文武百官都要前去哭丧，谁哭得不够投入就重罚谁，群臣为了饱含热泪，只得将辛辣的东西含在嘴里。慕容熙还下令上到公卿，下到百姓，家家户户都要去为苻皇后修建陵墓，并亲自对监工说：“你要好好修建，说不定要不了多久朕也会躺到里面去。”苻皇后出殡那天，慕容熙披头散，步行着跟随二十多里。
之前，将领冯跋因为得罪慕容熙而逃往深山，他利用慕容熙外出给苻皇后送葬的机会，效仿司马懿“高平陵之变”动叛乱夺取了城池。慕容熙得知后说道：“这些鼠辈能有什么作为，看朕回去诛灭了他们。”说罢带兵前去平叛，然而数次交战都无法攻入城中，于是慕容熙惊慌而逃，不知所踪。城内的叛军本来意志并不坚定，多半是被冯跋所迫，如果慕容熙坚决进攻，不少人都打算放下武器投降，结果等了很久都不见慕容熙到来，只好为冯跋所用。最终，慕容熙在一个小树林里被叛军所擒然后杀害。
冯跋一向与慕容宝的养子高云私交甚好，于是将他推上了皇位，建立了五胡十六国中的“北燕”，而“后燕”也自此正式灭亡。
高云由于自己没有多大的功劳，时常感到不安，于是豢养很多死士自保，结果他的心腹宠臣还是因为不满所获的赏赐，再次起政变杀害了他。之后冯跋又杀死了作乱之人，自己登上了王位——高云的死到底是意外，还是冯跋的有意为之，史书中并没有给出答案，但按照规律来说：人生，并没有那么多意外。
随着当政时间越来越长，北魏之主拓跋珪日渐荒淫，他想将都城平城（山西大同）比照洛阳和长安那样的规模去营建，于是动了五百里内八个部族的所有男丁前去服役，光宫门就有二十多米长，仅用了三十夺天就完工了。拓跋珪还喜欢公报私仇，只因有官员曾将他称作“三岁牛犊”，就杀光了对方全家。然而最为致命的是他还一直服用含有大量矿物毒素的“寒食散”，导致行为越来越乖张怪异，有时接连好几天都不进食，还总是一个人自言自语地细数曾经的功过。久而久之，他开始怀疑群臣想要反叛自己，看谁都不顺眼，于是大开杀戒，还将尸体陈列在朝堂上，致使朝野内外人人自危，官员都无法专心处事，朝政日渐混乱。唯有吏部尚书的儿子崔浩勤奋不懈，而他也将成为与张宾、王猛齐名，南北朝最强三谋士之一。
不久，拓跋珪册立儿子拓跋嗣为太子。由于北魏还处于未开化的阶段，按照他们的习俗，凡是被册立为继承人的，母亲都要被杀殉国以防干预朝政。拓跋嗣一向孝顺，所以在母亲死后悲伤得不能自已，因而与拓跋珪闹出矛盾逃往了外地。此后拓跋珪性情更加残暴，又想杀死另一个儿子的母亲，于是那对母子联合宫中的宦官和侍女一同动政变，弑杀了拓跋珪——一代英杰，北魏的开国皇帝，最终却因晚年昏聩而被亲生儿子所杀，也正式开启了两晋南北朝弑父篡国的先例。
拓跋嗣听说宫中生变故立刻返回，众人纷纷响应，共同杀死了叛乱的母子，迎立他登上皇位。此后，崔浩以博士祭酒的身份开始为拓跋嗣讲解《易经》和《尚书》等儒学经典，拓跋嗣也经常询问他有关天文术数的知识，现崔浩无所无知，再加上他对事物的分析和决断每次都十分准确，因而逐渐得宠，凡是朝中的军机大事，拓跋嗣都会邀他参与决策。
当初，拓跋珪消灭了匈奴刘卫辰的部落，刘卫辰的儿子刘勃勃逃往后秦。姚兴见到他后，认为他是一个奇才，经常邀他一同讨论军国大事，对他特别宠幸。姚兴的弟弟认为刘勃勃傲慢残忍，不可能成为忠臣，反复劝谏不要重用他，然而姚兴不听，还将匈奴及鲜卑的五万多兵马交给刘勃勃管理。
结果不久后刘勃勃果然反叛了后秦，接连攻下数座城池，自立为王并建立了五胡十六国中的“胡夏”，他自己也改名为“赫连勃勃”，意为“功劳显赫，与天相连”。
手下劝赫连勃勃早建都城，他却说：“你们只知其一，不知其二。我们的大业刚刚成立，兵民都不是很多。姚兴又是一时英豪，秦国也是三军用命，现在的关中根本无法图谋。如果我们专门固守一座城池，秦国就能集中兵力进攻我们，兵力悬殊之下，很容易就会被他们所灭。所以我们应当继续保持骑兵的机动性而居无定所，让敌人疲于奔命，我们则以逸待劳。这样不出十年，秦国必然疲敝，等到姚兴死后，长安就是我们的囊中之物。”——这番言论也算是最早的“游击思想”了。
于是赫连勃勃开始带兵四处侵略后秦的城池，他们抢完就跑，使得很多地方白天都不敢开门，即使姚兴亲率大军前去讨伐仍被击败，差点单骑逃亡。在赫连勃勃的连番冲击下，后秦的国力越衰弱，就连姚兴都不禁感叹：“我当初没有听从弟弟的谏言，才落得今天这个地步。”
之后所向披靡的赫连勃勃又打败了南凉王秃傉檀，追赶了他八十余里，杀伤敌军一万多人，事后还将敌军尸体堆积起来搭建了一座“骷髅塔”——也算是最早的“行为艺术”了。
赫连勃勃为人残忍，他派人修造兵甲，验收时如果能用弓箭射穿，就会立刻将修造兵甲的工匠斩杀，如果射不穿，则会将修造弓箭的工匠斩杀，因此夏国的武器全都打磨得十分精良。
姚兴眼见秃傉檀身处内忧外患，便想要趁人之危，出兵剿灭南凉，于是派遣心腹前去窥探情况，心腹返回后说道：“‘奇才英杰不一定都出自华夏，拥有智慧见识也不一定非要读书’，这句话说得就是秃傉檀。他不仅智谋过人，还很会用兵，我们暂时不应对他有所图谋。”姚兴听后不以为然道：“赫连勃勃仅用一群乌合之众就能打败的人，能有多厉害？”心腹回答道：“形势从来变化万端，秃傉檀之所以输给赫连勃勃是因为轻敌，但如今他刚刚战败，警惕性已经提高。我私自观察了一下咱们国内的将领，没有一个能比得上他，如果强行进攻恐怕会有所不利。”姚兴没有听从他的意见，还是派遣了三万精兵进攻南凉，结果大败而归。
不久后，南凉有人叛变，想从城内接应秦军，多亏事情败露被及时平定。秃傉檀想只惩罚主谋而赦免其他人，左右劝谏道：“现有强大的敌人盘踞在外，奸猾的内应作乱城内，形势如此严峻，如果再不重罚那些叛徒，如何震慑其他想要造反之人？”秃傉檀听从了他们的意见，下令斩杀了五千多人。
得胜后的秃傉檀不可一世，数次派兵进攻北凉，结果数次被沮渠蒙逊所败，只得用儿子作为人质前去求饶，此后变得收敛。而之前投降后秦的乞伏炽磐眼见秦军接连战败，便暗中有了反叛之心，开始招纳旧部占据周边重城。
